Quick answer
The core sentence: У меня́ боли́т + the body part. The doctor will ask Что вас беспоко́ит? — what is troubling you?
What you say
What the doctor asks
Afterwards
A short visit
Typical mistakes
Я боле́ю голово́й.
У меня́ боли́т голова́.
The body part is the subject of боли́т.
Я име́ю температу́ру.
У меня́ температу́ра.
Possession is у + genitive.
Check yourself
The doctor asks Что вас беспоко́ит? What does it mean?